В соответствии с федеральными законами от 5 июня 2007 г. № 87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации и Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации» и от 6 июня 2007 г. № 90-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации» из компетенции прокурора были исключены полномочия по процессуальному руководству следствием. Однако самым главным новшеством было то, что следственный аппарат органов прокуратуры стал относительно самостоятельным ведомством. Перечисленные меры создали условия для дальнейшей полной организационной и функциональной независимости следственного органа. Однако на этом этапе вновь созданный Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации еще входил в систему органов прокуратуры, Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации в связи с занимаемой должностью являлся Первым заместителем Генерального прокурора Российской Федерации, а работники Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации — прокурорскими работниками. В соответствии с частью 3 статьи 20.1 Федерального закона «О прокуратуре» Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации назначался на должность и освобождался от должности Советом Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по представлению Президента Российской Федерации. Как самостоятельное ведомство Следственный комитет начал свою деятельность 15 января 2011 г., когда вступил в силу Федеральный закон от 28 декабря 2010 г. № 403-ФЗ «О Следственном комитете Российской Федерации». Как отмечалось в пояснительной записке к проекту данного закона, функционирование Следственного комитета вне системы прокуратуры Российской Федерации создаст необходимые условия для эффективной реализации полномочий прокуроров по надзору за процессуальной деятельностью органов предварительного следствия, усиления взаимодействия следственных органов с органами прокуратуры, позволит повысить объективность следствия, тем самым обеспечивая законность в сфере уголовного судопроизводства и неукоснительное соблюдение конституционных прав граждан. Федеральный закон «О Следственном комитете Российской Федерации» установил, что руководство деятельностью вновь созданного следственного органа осуществляет Президент Российской Федерации. Названные нововведения создали благоприятные условия для эффективной борьбы с коррупцией, в том числе в высших органах представительной и исполнительной власти, что ранее представлялось затруднительным в связи с обусловленностью назначения руководителя следственного ведомства по согласованию с названными государственными органами и подотчетностью им.